深圳港東部港區(qū)位于深圳市東部，大鵬灣北及西北岸?，F(xiàn)有鹽田、下洞、沙魚涌和秤頭角4個港區(qū)。此外，還包括大亞灣內(nèi)大亞灣核電站專用碼頭。深圳港東部港區(qū)水域?qū)拸V，有良好的自然水深，不淤積，障得物少，但遮蔽條件較差，在偏南風季節(jié)，涌浪較大。

鹽田港區(qū)位于大鵬灣西北岸，深圳市鹽田區(qū)境內(nèi)，西起沙頭角保稅區(qū)、東至正角咀，距香港維多利亞港68海里、澳門港93海里。港區(qū)地理位置優(yōu)越，建設條件優(yōu)良，是我國沿海深水良港之一。該港區(qū)于1989年12月由深圳東鵬實業(yè)有限公司負責開發(fā)，1992年11月正式對外開放。

下洞港區(qū)位于大鵬灣北岸中部，深圳市龍崗區(qū)境內(nèi)，東鄰沙魚涌港區(qū)，西至光匯碼頭軸線以西50米，是石油產(chǎn)品和液化氣作業(yè)的專用港區(qū)。

沙魚涌港區(qū)位于大鵬灣北岸中部，深圳市龍崗區(qū)境內(nèi)葵涌鎮(zhèn)土洋村岸段，西部毗鄰下洞港區(qū)，是深圳東部以散雜貨作業(yè)為主的中級碼頭港區(qū)。主要經(jīng)營秒、石等建筑材料裝卸業(yè)務，貨物主要出口香港等地。

秤頭角港區(qū)位于大鵬灣東岸北部，深圳市龍崗區(qū)境內(nèi)葵涌鎮(zhèn)秤頭角岸段，平洲島東北方1．5海里處。隨著該區(qū)域內(nèi)新增的中石油應急調(diào)峰LNG項目、中海油迭福山LNG項目和深圳華安液化氣改擴建LNG項目的建設與投產(chǎn)，未來幾年將建成4座LNG接收站，預計每年超過900艘次LNG船舶進出該港區(qū)，吞吐能力可達2000萬噸。

大亞灣核電站專用碼頭位于大亞灣的大鵬澳北側，是核電站配套設施。

此外，在大鵬澳南部還建有游艇俱樂部碼頭，該碼頭由浪騎游艇俱樂部碼頭和七星灣游艇俱樂部碼頭組成，分別設有275個、395個游艇泊位。